Program Padmanaba Peduli telah dilakukan sejak tahun 2010 dimana alumni bersama dengan siswa dan pihak sekolah bersama-sama membantu korban terdampak letusan gunung merapi. SMA 3 Yogyakarta menjadi salah satu posko pengumpulan donasi dan pusat komunikasi relawan saat itu.


Padmanaba Peduli terus berlangsung secara insidentil hingga pada tahun 2018 secara resmi menjadi bagian dari Perkumpulan Keluarga Besar Alumni Padmanaba dan rutin mengadakan kegiatan sosial untuk berbagi dengan sesama.